93　分散分析で良いのでしょうか?実験データの解析　　りさ　　1999/06/23 (水) 08:28
　　108　Re: 分散分析で良いのでしょうか?実験データの解析　　勉強中　　1999/06/24 (木) 21:29
　　　110　Re^2: 分散分析で良いのでしょうか?実験データの解析　　りさ　　1999/06/24 (木) 22:05
　　　　111　Re^3: 分散分析で良いのでしょうか?実験データの解析　　勉強中　　1999/06/24 (木) 23:05
　　　　　120　Re^4: 分散分析で良いのでしょうか?実験データの解析　　りさ　　1999/06/25 (金) 17:35
　　　　　　128　Re^5: 分散分析で良いのでしょうか?実験データの解析　　勉強中　　1999/06/26 (土) 22:59
　　　　　　　151　Re^6: 分散分析で良いのでしょうか?実験データの解析　　りさ　　1999/07/01 (木) 15:26
　　　　　112　Re^4: 分散分析で良いのでしょうか?実験データの解析　　勉強中　　1999/06/25 (金) 00:48
　　99　Re: 分散分析で良いのでしょうか?実験データの解析　　堀　啓造　　1999/06/23 (水) 18:37
　　　109　Re^2: 質問ばかりでごめんなさい。　　りさ　　1999/06/24 (木) 22:04
　　　　113　Re^3: 質問ばかりでごめんなさい。　　堀　啓造　　1999/06/25 (金) 02:05
　　　　　121　Re^4: 質問ばかりでごめんなさい。　　りさ　　1999/06/25 (金) 17:58
　　　　　　125　Re^5: 質問ばかりでごめんなさい。　　堀　啓造　　1999/06/26 (土) 13:34
　　　　　　　150　Re^6: 質問ばかりでごめんなさい。　　りさ　　1999/07/01 (木) 15:25
　152　ありがとうございました 分散分析でいいの?　　りさ　　1999/07/01 (木) 15:34

93.　分散分析で良いのでしょうか?実験データの解析　　りさ　　1999/06/23 (水) 08:28

はじめまして。ちょっとデータの解析で詰まってしまったので質問させて頂きました。実験内容は，ある微生物（顕微鏡で観察できる大きさ）を使って，薬品（2種）を濃度を変えて（5段階）添加し，凍結-融解を行い薬品，濃度の違いによる生存率を測定してます。1個体の挙動は追えないので，微生物を培養したフラスコ（約200個体/mlに培養）に薬品をそれぞれ添加し，凍結-解凍を行い，1mlを5回サンプリングする形で生存および死滅していた個体数を計数しました。表にすると次のようになり（a,bは薬品，#%は薬品濃度），各セルには生存数と +--+---+---+---+---+-----+ | | 0%| 2%| 4%| 6%| 10% | |--|---|---|---|---|-----| |a | | | | | | |--|---|---|---|---|-----| |b | | | | | | +--+---+---+---+---+-----+ 死亡数の計数値が各5個ずつ入ります。ここで，薬品と濃度によって生存数に差があるかを見る場合，生存数のみを使って2元配置の分散分析を行うのと，死亡数も使ってカイ2乗分析を行うのとどちらが適切なのでしょうか? 　御指導のほど宜しくお願いします

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108.　Re: 分散分析で良いのでしょうか?実験データの解析　　勉強中　　1999/06/24 (木) 21:29

念のためうかがいますが，各処理区（薬品×濃度）の各5個のデータは，反復ととらえていますか.それとも，それらを平均あるいは合計して，各処理区を代表させて分析するのでしょうか.ここを整理しておかないと，混乱するような気がします.

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110.　Re^2: 分散分析で良いのでしょうか?実験データの解析　　りさ　　1999/06/24 (木) 22:05

> 　念のためうかがいますが，各処理区（薬品×濃度）の各5個のデータは，反復ととらえていますか.それとも，それらを平均あるいは合計して，各処理区を代表させて分析するのでしょうか.ここを整理しておかないと，混乱するような気がします. 　はい。全てのデータを使えた方が良いと考えてますので，反復としてとらえてます。これだとファクトリアルで分散分析かけられますよね?

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111.　Re^3: 分散分析で良いのでしょうか?実験データの解析　　勉強中　　1999/06/24 (木) 23:05

実験計画を私が誤解しているかもしれませんので，二つの場合について考えたいと思います. 1）たとえば，薬品aの濃度2%の実験は，5個の異なるフラスコで行なった.それらの異なる5個のフラスコから各1mlをサンプリングして個体数を調査した. 2）または，薬品aの濃度2%の実験は，1個のフラスコで行なった.そのフラスコから5回，各1mlをサンプリングして個体数を調査した. 　1）の場合は，5個のデータを反復とみなして2要因の分散分析が可能だと思います.2つの要因の交互作用も検定できると思います. 　2）の場合は，pseudoreplication（日本語訳は知りません.にせの反復?）といわれるものの一種に相当します.同一の処理区から場所を少し変えてサンプリングしただけなので，反復とみなすことは危険だと思います.これを反復とみなして分散分析すると，用いた有意水準が実際には非常に緩い判定になることがあります. 　いかがでしょうか.

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120.　Re^4: 分散分析で良いのでしょうか?実験データの解析　　りさ　　1999/06/25 (金) 17:35

> 　2）の場合は，pseudoreplication（日本語訳は知りません.にせの反復?）といわれるものの一種に相当します.同一の処理区から場所を少し変えてサンプリングしただけなので，反復とみなすことは危険だと思います.これを反復とみなして分散分析すると，用いた有意水準が実際には非常に緩い判定になることがあります. すみません，私の説明不足でした。 今回の実験の場合，おそらく（2）にあたると思います。 一つのフラスコ（1つの系）に薬品を入れて，そこから5回サンプリングし，チューブ（容器）に移して凍結-融解を行い，解凍後にその1mlのサンプル中の個体数を計数したものです。 実験中さんのいわれるように，確かに実験初期の段階から，1系につき5個のフラスコで行うべきですね。(^_^; いろいろ，勉強になります。ありがとうございます。

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128.　Re^5: 分散分析で良いのでしょうか?実験データの解析　　勉強中　　1999/06/26 (土) 22:59

第1段階の解析は，分散分析でも良いと思うのですが，これだけだと平均値の単なる比較で終ってしまいます. 　実験の目的にもよりますが，薬品濃度と生存率との関係を調べることも大切ならば，薬品ごとに，回帰分析やプロビット分析も第2段階の解析で考えた方が良いかと思います.

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151.　Re^6: 分散分析で良いのでしょうか?実験データの解析　　りさ　　1999/07/01 (木) 15:26

> 　第1段階の解析は，分散分析でも良いと思うのですが，これだけだと平均値の単なる比較で終ってしまいます. > > 　実験の目的にもよりますが，薬品濃度と生存率との関係を調べることも大切ならば，薬品ごとに，回帰分析やプロビット分析も第2段階の解析で考えた方が良いかと思います. ありがとうございます。がんばってみます。

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112.　Re^4: 分散分析で良いのでしょうか?実験データの解析　　勉強中　　1999/06/25 (金) 00:48

> 　2）の場合は，pseudoreplication（日本語訳は知りません.にせの反復?）といわれるものの一種に相当します.同一の処理区から場所を少し変えてサンプリングしただけなので，反復とみなすことは危険だと思います.これを反復とみなして分散分析すると，用いた有意水準が実際には非常に緩い判定になることがあります. > 　一つ忘れていました. 　2）の場合でも，5反復とみなさないで，5回の平均値を用いて「繰り返しのない二元配置の分散分析」をすることには何も問題ありません.ただし，検定は，薬の種類と濃度に関する効果に対して行うことになります.二つの要因間の交互作用は検定できません.

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99.　Re: 分散分析で良いのでしょうか?実験データの解析　　堀　啓造　　1999/06/23 (水) 18:37

> て2元配置の分散分析を行うのと，死亡数も使ってカイ2乗分析を行うのとどちらが適切なのでしょうか?　御指導のほど宜しくお願いします 生存率だからその方面の独自の解析法があるかもしれません。 分散分析のほうも微妙な問題があるかもしれません。 カイ2乗検定はこのタイプではあまりないでしょう。カイ2乗検定の代わりとして対数線形モデルがあります。 対数線形モデルはいろんな本に解説があります。 例えば B.S.エヴェリット(1980).『質的データの解析』新曜社 でも，実際の処理にあたってはちょっと工夫が必要ですね。概念理解はかまわないのですが。 分布に問題なければ分散分析が一番データを活かせそうですね。問題があってもパーセンテージを変換して分散分析に持ち込むという手もあります。 無責任モードの回答です。フォローよろしく。

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109.　Re^2: 質問ばかりでごめんなさい。　　りさ　　1999/06/24 (木) 22:04

堀様，ご回答，ご助言ありがとうございます。m(..)m > 分布に問題なければ分散分析が一番データを活かせそうですね。問題があってもパーセンテージを変換して分散分析に持ち込むという手もあります。 　これは，（生存数）/（生存数+死亡数）の形でデータを整理して分散分析に持ち込むと言うことでしょうか??すみません，聞いてばかりで・・

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113.　Re^3: 質問ばかりでごめんなさい。　　堀　啓造　　1999/06/25 (金) 02:05

> > 分布に問題なければ分散分析が一番データを活かせそうですね。問題があってもパーセンテージを変換して分散分析に持ち込むという手もあります。 > > 　これは，（生存数）/（生存数+死亡数）の形でデータを整理して分散分析に持ち込むと言うことでしょうか??すみません，聞いてばかりで・・ (1)そのまま頻度で分散分析処理する。 (2)パーセンテージを分散分析処理 (3)パーセンテージにしてから，逆正弦変換(arcsine)（または角変換ともいう）して，分散分析をする。 　　20% → arcsin(sqrt(0.20)) 岩原信九郎『ノンパラメトリック法』文化科学社（絶版） 森・吉田『心理学のためのデータ解析テクニカルブック』北大路書房 に角変換後分散分析している例がでています。 わたしはやらないけど，このタイプだとロジスティック回帰分析とかの系統にならないの。 コックス『二値データの解析-医学・生物学への応用』朝倉書店 とかチェックいれてみてはどうですか。

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121.　Re^4: 質問ばかりでごめんなさい。　　りさ　　1999/06/25 (金) 17:58

> (1)そのまま頻度で分散分析処理する。 > (2)パーセンテージを分散分析処理 > (3)パーセンテージにしてから，逆正弦変換(arcsine)（または角変換ともいう）して，分散分析をする。 > 　　20% → arcsin(sqrt(0.20)) > わたしはやらないけど，このタイプだとロジスティック回帰分析とかの系統にならないの。 ありがとうございます。後で図書館を探して見てみます。 ロジスティック回帰ですか?　ロジスティック曲線への回帰でしょうか? 私の場合，増殖曲線までは（この実験では）見ていないので，必要ないかと思うのですが・・・ さらに，私の扱っている動物の場合，2分裂でないのでロジスティック式が厳密には使えなかったりします(^^; でも，r=0.99とかでのっかっちゃったりしますが・・(^^;;;; 勉強中さんのいわれるように，平均して繰り返しなしの分散分析が適当な気がします・・ 実験系の組み方がそもそも悪かったということですね。。

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125.　Re^5: 質問ばかりでごめんなさい。　　堀　啓造　　1999/06/26 (土) 13:34

> ロジスティック回帰ですか?　ロジスティック曲線への回帰でしょうか? > 私の場合，増殖曲線までは（この実験では）見ていないので，必要ないかと思うのですが・・・ > さらに，私の扱っている動物の場合，2分裂でないのでロジスティック式が厳密には使えなかったりします(^^; 生きているか死んでいるかの問題ではなかったのでしょうか?

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150.　Re^6: 質問ばかりでごめんなさい。　　りさ　　1999/07/01 (木) 15:25

> > ロジスティック回帰ですか?　ロジスティック曲線への回帰でしょうか? > 生きているか死んでいるかの問題ではなかったのでしょうか? そうです。生きてるか死んでるかの問題です。 ロジスティック回帰やってみたら?といわれたので，増殖のことかとおもって，前回のようなレスになってしまいました。増殖の話とは違うのですね? 勉強不足です。すみません。

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152.　ありがとうございました 分散分析でいいの?　　りさ　　1999/07/01 (木) 15:34

一応，一連のメッセージの後にもつけたのですが，ログで埋もれてしまったのでもう一度書いておきます。 勉強中さん，堀さん，貴重な意見ありがとうございました。 紹介していただいた資料を参考にがんばってみます。

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