メイン FisherExactTest.html Last modified: Sep 01, 2009
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;CHARSET=EUC-JP">
<link rel="shortcut icon" href="../favicon.ico">
<title>JavaScript</title>
<script src="io.js">document.write("io.js ファイルが見つかりません??<br>")</script>
<script src="gxp.js">document.write("gxp.js ファイルが見つかりません??<br>")</script>
<script language="JavaScript">
<!--
function chi_sq(a, b, c, d, frm)
{
var e, f, g, h, n, chi, p, adbc
e = a+b; f = c+d; g = a+c; h = b+d; n = e+f
adbc = Math.abs(a*d-b*c)
chi = n*adbc*adbc/(e*f*g*h)
p = gxp(Math.sqrt(chi))*2
printf("a = %i b = %i c = %i d = %i\n\n", a, b, c, d)
printf("通常のカイ二乗検定\n")
printf(" カイ二乗値 = %.5f\n", chi)
printf(" P 値 = %.5f\n", p)
if (adbc < n/2) {
chi = 0
}
else {
adbc -= n/2
chi = n*adbc*adbc/(e*f*g*h)
}
p = gxp(Math.sqrt(chi))*2
printf("イエーツの補正\n")
printf(" カイ二乗値 = %.5f\n", chi)
printf(" P 値 = %.5f\n", p)
}
function q(x)
{
var i
var retv = 0
for (i = 1; i <= x; i++) {
retv += Math.log(i)
}
return retv
}
function fisher(a, b, c, d, n, frm)
{
var ab, cd, ac, bd, i, x, mina, maxa, adbc, adbc_one, adbc1, p, p2, p3, f, f2, f3
var q = new Array(n)
q[0] = 0
for (i = 1; i <= n; i++) {
q[i] = q[i-1]+Math.log(i)
}
f3 = f2 = p3 = p2 = 0
ab = a+b
cd = c+d
ac = a+c
bd = b+d
x = q[ab]+q[cd]+q[ac]+q[bd]-q[n]
f = Math.exp(x-(q[a]+q[b]+q[c]+q[d])) // 観察された分割表の生起確率（Fisher の方法で使用）
maxa = (ab <= ac) ? ab : ac
mina = ab-((ab <= bd) ? ab : bd)
adbc_one = a*d-b*c
adbc = Math.abs(adbc_one)
for (i = mina; i <= maxa; i++) {
b = ab-i
c = ac-i
d = bd-b
adbc1 = i*d-b*c
p = Math.exp(x-(q[i]+q[b]+q[c]+q[d])) // 生成された分割表の生起確率
if (p <= f) { // Fisher の方法
f2 += p // 両側確率
}
if (p <= f && adbc1*adbc_one >= 0) {
f3 += p // 片側確率
}
if (Math.abs(adbc1) >= adbc) { // Pearson の方法
p2 += p // 両側確率
}
if (Math.abs(adbc1) >= adbc && adbc1*adbc_one >= 0) {
p3 += p // 片側確率
}
}
printf("フィッシャーの正確確率検定\n")
printf(" （両側検定）P 値 = %.5f （片側側検定）P 値 = %.5f\n", f2, f3)
printf("フィッシャーの正確確率検定（Pearson の方法）\n")
printf(" （両側検定）P 値 = %.5f （片側側検定）P 値 = %.5f\n", p2, p3)
}
function calc(frm)
{
var a, b, c, d
a = parseFloat(frm.a.value)
b = parseFloat(frm.b.value)
c = parseFloat(frm.c.value)
d = parseFloat(frm.d.value)
if (isNaN(a) || isNaN(b) || isNaN(c) || isNaN(d)) {
printf("入力が不完全か，数値でないものがあります\n")
return
}
else if (a < 0 || b < 0 || c < 0 || d < 0 ||
a != Math.floor(a) || b != Math.floor(b) || c != Math.floor(c) || d != Math.floor(d)) {
printf("４つの数値は，正の整数値でなくてはなりません\n")
return
}
chi_sq(a, b, c, d, frm)
fisher(a, b, c, d, a+b+c+d, frm)
printf("--------------------\n")
}
//-->
</script>
</head>
<body bgcolor="#ffffff">
<font size="+2"><b>Fisher's exact test</b></font> <a href="src/fisher.html"><img src="png/src.png" width=35 height=11 alt="src" align=top></a> Last modified: Jun 01, 2006<hr noshade><p>
<font color="#ff0000" size="+2">以下のプログラムのサポートは終了しました。自己責任でお使い下さい。</font>
<form name=Result>
<script language="JavaScript">
<!--
//-->JavaScript がサポートされていないブラウザですか？
</script>
<table>
<tr>
<td valign="top">
<table border=1 cellpadding=3>
<caption>入力欄</caption>
<tr>
<td></td> <th>A<sub>1</sub></th> <th>A<sub>2</sub></th>
</tr>
<tr>
<th>B<sub>1</sub></th>
<td ><input name="a" value="1" size=5></td>
<td ><input name="b" value="2" size=5></td>
</tr>
<tr>
<th>B<sub>2</sub></th>
<td ><input name="c" value="3" size=5></td>
<td ><input name="d" value="4" size=5></td>
</tr>
</table>
<table cellpadding=3>
<tr><td><input type="button" name="calcurate" value="計算開始" onClick="calc(this.form)"></td></tr>
<tr><td><input type="button" name="clear" value="入力欄クリア" onClick="this.form.a.value=this.form.b.value=this.form.c.value=this.form.d.value=''"></td></tr>
<tr><td><input type="button" name="clear" value="出力欄クリア" onClick="this.form.result.value=''"></td></tr>
</table>
</td>
<td valign="top" align="center">
出力欄<br><textarea name="result" ROWS=12 COLS=80></textarea>
</td>
</tr>
</table>
</form>
<ol>
<li> まず，「入力欄クリア」と「出力欄クリア」ボタンをクリックし，入力欄と出力欄をクリアします。
<li> 入力欄の４つの桝目に観察数を入力します。
<li> 「計算開始」ボタンをクリックします。
<li> 入力欄をクリアして，別の数値を入力し計算します（出力欄はクリアしなくても，結果が追加されます。また，いつでもクリアして構いません）。
</ol>
出力欄の内容は，コピー＆ペーストできます。
<p><hr noshade>
<img src="../gra/button3.png" width=9 height=9 alt="・"> <a href="../lecture/Cross/Fisher.html">手法の解説(1)</a> <img src="../gra/button3.png" width=9 height=9 alt="・"> <a href="../lecture/Cross/cross.html">手法の解説(2)</a><br>
<img src="../gra/button3.png" width=9 height=9 alt="・"> <A HREF="javascript:history.go(-1)">直前のページへ戻る</A> <img src="../gra/button3.png" width=9 height=9 alt="・"> <a href="../mail.html">E-mail to Shigenobu AOKI</a>
<p><center><IMG SRC="../gra/ume5.png" width=121 height=37 ALT="Made with Macintosh"></center>
</body>
</html>
サブ io.js Last modified: Mar 25, 2004
サブ gxp.js Last modified: Mar 25, 2004
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